목조주택이 다 이런지의 여부는 논할 필요는 없을 것 같고요.
파내고 다시 시공을 할 때는 탄성 줄눈으로 하시는 것이 좋을 것 같습니다.

영상처럼 타일이 눌림이잇는데  그냥  줄눈만다시 시공하면될까요?  시공사에서 계속 목조를 들먹이니깐요..

눌림은 뒤가 비어 있다는 의미입니다.
그 역시 다시 하시면 되세요.